La Iglesia de Santo Domingo de Moquegua tuvo su primer templo en 1652, hecho de caña y barro, el cual fue destruido por un terremoto en 1784. Fue reconstruida en el siglo XVIII con cal y piedra, y posteriormente remodelada a mediados del siglo XX y restaurada en 2005. Su estructura actual presenta planta de cruz latina, una sola nave y una fachada con dos torres que funcionan como campanarios. El interior destaca por sus altares barrocos, especialmente el altar mayor y los dedicados a San Francisco, la Virgen de las Mercedes y Santa Fortunata. Es un importante punto de visita por la veneración a Santa Fortunata y por presentaciones de la sinfónica local.