Vinte e seis séculos de história cruzam-se neste museu que oferece uma verdadeira viagem no tempo numa atmosfera única, onde é possível ver vestígios de todos os povos que aqui viveram. O subterrâneo, escavado no subsolo da fortaleza e do antigo Convento de Aracaeli, que hoje acolhe a Pousada D. Afonso II, oferece um percurso labiríntico onde se cruzam testemunhos da ocupação humana do século VII a.C. até ao século XIX, percorrendo os períodos da idade do ferro, romano, visigótico, islâmico, medieval, cristão, moderno e contemporâneo. As estruturas, objetos e documentos refletem a memória do quotidiano das gentes que por aqui passaram.