A Igreja começou a ser construída em 1506, junto a um cemitério onde eram enterrados os que morriam de peste, situado já fora das muralhas da cidade, e dedicada a São Roque, protector da peste. Em 1768, a Companhia de Jesus é expulsa do território Português, ficando a Igreja de São Roque e os respectivos bens então entregues à Misericórdia de Lisboa, estando hoje em dia expostos no Museu de Arte Sacra de São Roque, ao lado da Igreja. A entrada alternativa da Igreja é feita pelo Museu de São Roque onde existe casa de banho adaptada para pessoas de mobilidade reduzida.